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北大謝曉亮(liàng)及合作者 Cell 發表新冠病毒中和(hé)抗體研究結果,單細胞測序技術助力新冠病毒抗體研發




丁香學(xué)術昨天頭條解讀了深圳市第三人民醫院劉磊院長(cháng),中國(guó)科學(xué)院高(gāo)福院士,中國(guó)科學(xué)院天津工業生物技術研究所高(gāo)峰副研究員等團隊聯合于 5 月 13 日在 Science 雜志發表的(de)論文:A noncompeting pair of human neutralizing antibodies block COVID-19 virus binding to its receptor ACE2。報告了 從一(yī)名康複患者中分離(lí)出的(de)人源單克隆抗體,能有效阻斷病毒與細胞受體 ACE2 結合,顯示出強大的(de)中和(hé)能力
今天新冠抗體研發又傳來喜訊,2020 年(nián) 5 月 18 日,北京大學(xué)北京未來基因診斷高(gāo)精尖創新中心(ICG)主任謝曉亮(liàng)團隊領銜多家合作單位在 Cell 雜志發文:Potent neutralizing antibodies against SARS-CoV-2 identified by high-throughput single-cell sequencing of convalescent patients’ B cells 利用高(gāo)通量單細胞 RNA 和(hé) VDJ 測序技術,從恢複期患者的(de)抗原富集 B 細胞中快速鑒定出新冠病毒中和(hé)單克隆抗體(mAb)在對 hACE2 轉基因小鼠的(de)感染實驗中,也證實該抗體較強的(de)治療和(hé)預防效果證明了通過高(gāo)通量單個 B 細胞測序技術可(kě)有效地(dì)發現人源中和(hé)單克隆抗體,以應對大流行性傳染病。


片來源于 Cell


丁香學(xué)術将對本文進行詳細解讀,側重單細胞技術在新冠抗體研發種的(de)應用,并将對兩個團隊的(de)結果進行簡單對比


研究內(nèi)容


針對新冠病毒人源單克隆抗體的(de)分離(lí)鑒定的(de)方法,如(rú)單個記憶 B 細胞的(de)克隆擴增,通常用于從異質 B 細胞群體中獲得免疫球蛋白輕重鏈 RNA 序列,以産生單克隆抗體。但由于耗時的(de)孵化和(hé)篩選步驟,使該技術至少需要幾個月才能完成成功的(de)篩選。而高(gāo)通量單細胞測序技術的(de)出現,則大大縮短(duǎn)了抗體的(de)篩選周期,為(wèi)新冠病毒以及未來大流行病的(de)抗體疫苗研發,提供了非常重要的(de)科學(xué)和(hé)實用價值。 與傳統方法不同,通過高(gāo)通量單細胞 VDJ 測序獲得的(de)大規模數據,使研究人員能夠在體外抗體表達之前檢查 B 細胞克隆型的(de)富集。即,對于抗體的(de)重鏈和(hé)輕鏈,共享相同 CDR3 區域的(de) B 細胞被分組為(wèi)相同的(de)克隆型,并根據克隆型觀察到的(de)細胞數量計算它們的(de)富集。


由于被抗原激活的(de) B 細胞會通過克隆選擇和(hé)從已經存在的(de)幼稚型和(hé)記憶 B 細胞擴增,因此研究人員假設富集的(de) B 細胞克隆型更有可(kě)能産生高(gāo)親和(hé)力的(de)新冠病毒中和(hé)抗體。通過對來自(zì)北京佑安醫院的(de) COVID-19 恢複期患者的(de)外周血單個核細胞(PBMCs)分離(lí) B 細胞,并進行單細胞 RNA 和(hé) VDJ 測序。總共分析了 6 個不同批次的(de) 60 個恢複期患者的(de)抗原結合 B 細胞。最終共檢測出 8558 個抗原結合的(de) IgG1+ 克隆型,并鑒定出 14 個中和(hé)抗體。


圖片來源于 Cell


研究人員使用 ELISA 和(hé)表面等離(lí)子(zǐ)體共振 (SPR) 技術,對純化的(de) mAbs 進行新冠病毒 RBD/S 蛋白反應性檢測。鑒定出 149 個與 S 蛋白結合的(de) mAbs,其中一(yī)半以上的(de) mAbs 與 RBD 結合。 使用僞病毒系統進一(yī)步篩選所有的(de) ELISA 陽性單克隆抗體的(de)中和(hé)能力時發現,隻有 RBD 結合的(de) mAbs 表現出僞病毒中和(hé)效應,并且隻有 mAbs 與 RBD 結合的(de)解離(lí)常數 Kd 較小或接近 ACE2/RBD 的(de)解離(lí)常數 (15.9 nM) 時,才會産生顯著的(de)中和(hé)效應。


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此外,研究人員從富集的(de)克隆型分離(lí)出的(de)所有中和(hé) mAbs 中,篩選出一(yī)個最有效的(de)抗體命名為(wèi) BD-368-2。該抗體能競争性地(dì)抑制 ACE2 與 RBD 的(de)結合,對僞型和(hé)真型新冠病毒的(de) IC50 分别為(wèi) 1.2 ng/mL 和(hé) 15 ng/mL。 為(wèi)了評估鑒定的(de)中和(hé)單克隆抗體是否可(kě)以作為(wèi)治療幹預和(hé)體內(nèi)對新冠病毒的(de)預防性保護,研究人員測試了抗體 BD-368-2 對感染新冠病毒的(de) hACE2 轉基因小鼠的(de)中和(hé)效果。研究共使用 9 隻 hACE2 轉基因小鼠,平均分為(wèi)三組,并分别采取以下措施:
預防組,在病毒感染前 24 h 向 hACE2 轉基因小鼠腹腔注射體重為(wèi) 20 mg/kg 的(de) BD-368-2,檢測預防效果。治療組,在感染後 2 h 內(nèi)注射 BD-368-2 20mg/kg。陰性對照,在感染後 2 小時注射 20 mg/kg 抗 H7N9 病毒 IgG1 抗體 HG1K。 結果顯示,BD-368-2 在感染前後均能大大改善感染小鼠的(de)生理(lǐ)狀況。此外,通過 qRT-PCR 分析感染 5 天後小鼠的(de)肺病毒載量,發現在病毒感染前注射 BD-368-2 可(kě)以完全抑制新冠病毒。說明 BD-368-2 在體內(nèi)表現出較高(gāo)的(de)治療和(hé)預防效果。


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最後,研究人員還解析了一(yī)個中和(hé)抗體 BD-23 與新冠病毒 S 蛋白三聚體複合物的(de)冷凍電鏡結構,表明其表位與 RBD/ACE2 的(de)結合基序重疊。此外,基于新冠病毒和(hé) SARS-CoV 之間的(de)高(gāo)度保守性,研究人員還證明了通過抗體的(de) CDR3 區域,可(kě)以直接從大型抗原結合克隆型文庫中選擇有效的(de)中和(hé)抗體治療新冠病毒感染。


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綜上所述,該研究的(de)體外實驗和(hé) hACE2 轉基因小鼠實驗結果表明,所鑒定的(de)中和(hé)抗體 BD-368-2 可(kě)能提供一(yī)種有效的(de)治療和(hé)預防解決方案。目前使用 BD-368-2 的(de)臨床試驗正在進行之中。而高(gāo)通量單細胞測序技術在本研究中的(de)應用也可(kě)以擴展到新冠病毒以外的(de)其他傳染病,并可(kě)作為(wèi)在未來傳染性疾病大流行期間,快速發現中和(hé)單克隆抗體的(de)技術儲備。

兩項結果重點指标對比


此次,高(gāo)福等人分離(lí)的(de)抗體 B38、H4 與謝曉亮(liàng)等人分離(lí)的(de) BD-368-2 均為(wèi)人源中和(hé)單克隆抗體,兩家團隊都是獲得 nM 級别的(de)人源中和(hé)抗體。體外實驗和(hé)動物試驗均表明,具有良好的(de)治療和(hé)預防效果。


在動物實驗中,hACE2 小鼠的(de)快速成功構建,為(wèi)本次新冠病毒藥物研發提供了非常重要的(de)動物模型。高(gāo)福等人使用 hACE2 轉基因小鼠,在攻毒 12 小時後,以 25 mg/kg 的(de) B38 或 H4 單次給藥。結果顯示,與 PBS 對照組和(hé) H4 組相比,B38 組小鼠在感染 3 天後體重緩慢下降并恢複。肺內(nèi)病毒 RNA 拷貝數也在 3 天後明顯低(dī)于 PBS 組。


謝曉亮(liàng)等人使用 9 隻 hACE2 轉基因小鼠,平均分為(wèi)三組:預防組、治療組以及陰性對照組。以 20mg/kg 的(de)劑量給藥,在感染 5 天後檢測,結果顯示抗體大大改善了感染小鼠的(de)生理(lǐ)狀況,檢測到較好的(de)病毒治療和(hé)預防效果。同時,預先注射抗體組,在感染病毒後,其病毒複制幾乎被完全抑制。

延伸閱讀


單細胞測序(Single-Cell Sequencing) 技術即從單個細胞水平上對基因組進行測序,對于識别細胞的(de)類型、功能以及特定細胞狀态的(de)變化和(hé)變異至關重要。近年(nián)來,随着對技術的(de)不斷完善和(hé)改進,已廣泛應用于神經生物學(xué),癌症生物學(xué)、病原生物學(xué)等多個領域 衆所周知,新冠病毒的(de)出現讓人們意識到病毒疫苗和(hé)抗體研發并非一(yī)蹴而就。從實驗室研發到動物試驗再到人體臨床試驗,需要一(yī)段較長(cháng)的(de)時間來驗證其安全性和(hé)有效性。因此,以創新性思維開發新技術新方法,簡化疫苗和(hé)抗體的(de)制備流程将大大縮短(duǎn)其研發周期。 此次,謝曉亮(liàng)團隊及其合作者運用高(gāo)通量單細胞測序技術,在不到三個月的(de)時間裏就篩選到了中和(hé)抗體并進行了動物實驗,讓我們看到了戰勝新冠病毒的(de)曙光。同時,我們也期待在将來還有更多的(de)新技術新思維,運用到病毒疫苗抗體或其他治療和(hé)預防的(de)研究中,幫助人類徹底戰勝病毒。



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參考文獻:

Cao, Y., Su, B., Guo, X., Feng, Y., Qin, C., Qin, C., Jin, R., Xie, X.S., Potent neutralizing antibodies against SARS-CoV-2 identified by high-throughput single-cell sequencing of convalescent patients’ B cells, Cell (2020), doi: https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.05.025.
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